在國際物流的復雜體系中，盡管集裝箱海運是主流運輸方式之一，適用于眾多貨物類型，但仍存在特定品類的貨物因自身特性而不適宜采用此種運輸模式。
    鮮活貨物，諸如活魚、蝦類、螃蟹以及各類蔬菜、水果等生鮮產(chǎn)品。由于國際海運的運輸周期相對漫長，在長時間的運輸航程里，這些鮮活貨物難以持續(xù)維持其新鮮度與活性狀態(tài)。在封閉的集裝箱環(huán)境中，因缺乏及時的補給與適宜的環(huán)境調(diào)控，極易出現(xiàn)變質(zhì)、死亡現(xiàn)象，無法契合其對運輸時效性的嚴苛需求，故而不適合選用集裝箱海運方式。
    超重貨物亦面臨運輸困境。每個集裝箱均設定有明確的最大承重界限，一旦貨物單重或總重超出此限定范圍，便無法借助集裝箱進行海運操作。例如部分大型機械裝備或超大型設備部件，其單件重量可能高達數(shù)十噸乃至上百噸，這遠遠超越了普通海運集裝箱的承載閾值。若強行將超重貨物裝入集裝箱，極有可能引發(fā)箱體結構變形，諸如底板脫落、頂梁彎折等嚴重損壞情形，這不僅會致使貨物遭受損毀，更會對整個運輸過程的安全性構成嚴重威脅。
    超大尺寸貨物同樣被排除在集裝箱海運范疇之外。對于那些超高、超寬的大型配件或特殊構造貨物，其物理尺寸已超出集裝箱內(nèi)部空間的容納極限，根本無法裝入集裝箱內(nèi)部，只能借助散貨船，將其放置于船艙或甲板之上進行運輸。
    軍事用品在集裝箱運輸方面存在特殊規(guī)定。通常情況下，集裝箱并不承接軍事運輸業(yè)務。若部隊或軍工企業(yè)有集裝箱海運需求，則需按照商業(yè)運輸流程辦理相關手續(xù)。并且，軍事運輸若采用自備集裝箱，亦不再遵循常規(guī)集裝箱運輸條件進行操作。
    對運輸環(huán)境與時效要求近乎苛刻的特殊試驗品，如血液樣本、細胞組織、病毒病菌等，這類試驗品對運輸途中的溫度、濕度、穩(wěn)定性等環(huán)境條件以及運輸時效均有著極為精準且嚴格的限定。而集裝箱海運在環(huán)境調(diào)控的精準度與運輸速度方面難以達到這些特殊要求，因此不適宜運用集裝箱開展運輸作業(yè)。
    部分危險貨物亦受限制。盡管某些危險貨物在滿足特定條件與嚴格要求時，可借助雜貨集裝箱、框架集裝箱、冷藏集裝箱等進行運輸，但諸如 5.2 類有機過氧化物、4.1 自反應物質(zhì)、自聚合物質(zhì)以及具有自發(fā)熱特性的危險品，嚴禁使用 “冷代干” 集裝箱運輸。此外，對于那些未獲得船公司、港口等相關管理部門許可運輸?shù)奈ｋU貨物，同樣不能裝入普通海運集裝箱進行運輸，以確保運輸過程的安全性與合規(guī)性。